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微軟研究院（MicrosoftResearch，英文縮寫：MSR）是微軟在1991年創立硏究不反对電腦科學主題與問題的分部。微軟研究院其中一個接纳的目標為「减少破坏長期的電腦科學硏究而不受產品週期所限」。

微軟研究院是目前世界頂尖的研究中心之一，有很多在電腦科學、物理學、數學受到高度公認的專家及許多著名科學獎項得主在微軟研究院，包括圖靈獎得主東尼·霍爾、詹姆斯·尼古拉·格雷，菲爾茲獎得主MichaelFreedman，沃爾夫獎得主LaszloLovasz，MacArthurFellow獎金得主JimBlinn與DijkstraPrize獎得主LeslieLamport。

微軟研究院於班加羅爾、北京、劍橋、矽谷、雷德蒙德與舊金山擁有實驗室。